perl联系——计算点突变

一、程序目的：计算序列点突变（Point Mutations）

输入：

GAGCCTACTAACGGGAT
CATCGTAATGACGGCCT

输出：

7

二、程序设计

读取序列后利用split分割字串，然后注意比较，注意perl字符比较用“ne”（不等于）。

#!/usr/bin/perl/
use strict;
my (@seq, @seq1, @seq2, $distance);
@seq = <>;
# @seq1 = split //, chomp($seq[0]); # 这样会出错，chomp有返回值0 1
# @seq2 = split //, chomp($seq[1]);
@seq1 = split //, $seq[0];
@seq2 = split //, $seq[1];

for(my $i = 0; $i <= $#seq1; $i++){
        if($seq1[$i] ne $seq2[$i]){
 $distance++;
        }
}
print $distance."\n";

三、补充

perl比较

其他的代码：

#!/usr/bin/perl
#
my @str = <STDIN>;

my $c = 0;
for ($i = 0; $i < length($str[0]); $i++){
        $c++ if (substr ($str[0], $i, 1)) ne (substr ($str[1], $i, 1));
}

print "$c\n";

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